A UNESP, criada em 1976, resultou da incorporação dos Institutos Isolados de Ensino Superior do Estado de São Paulo, então unidades universitárias situadas em diferentes pontos do interior paulista. Abrangendo diversas áreas do conhecimento, tais unidades haviam sido criadas, em sua maior parte, em fins dos anos 50 e inícios dos anos 60.

Entre essas escolas que vieram compor a UNESP, pode-se observar, de um lado uma certa identidade. Um grupo bastante expressivo, formado por sete unidades universitárias, num conjunto de 14, ocupando amplo espaço, constituído pelas chamadas Faculdades de Filosofia, voltadas preferencialmente para a formação de professores que deveriam compor os quadros das escolas secundárias do Estado. Desse conjunto fizeram parte a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Assis, a de Araraquara, de Franca, de Marília, de Rio Claro e de São José do Rio Preto.

Outros Institutos Isolados foram criados com a finalidade de formação profissional como a Faculdade de Farmácia e Odontologia de Araraquara, a mais antiga de todas essas escolas, fundada em 1923 e incorporada ao patrimônio estadual em 1956. As outras foram as duas odontologias, de Araçatuba e de São José dos Campos, a Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, a de Engenharia de Guaratinguetá e a Medicina de Botucatu.

No entanto, essas escolas, pela própria formação e por uma qualificação precisa adotadas, foram marcadas por uma identidade entre a docência e a pesquisa na compreensão da necessidade da busca de um aprimoramento acadêmico. Associada a essa característica, essas escolas estiveram fundamentadas no tripé que identifica a instituição acadêmica - a docência, a pesquisa e a extensão de serviços à comunidade. Essas escolas, que foram pioneiras na implantação do ensino superior público de qualidade no interior do Estado de São Paulo, estiveram, desde sua criação, sob a administração da Secretaria de Educação do Estado de São Paulo.

Em 1969 foi instituída, na Secretaria da Educação, a Coordenadoria do Ensino Superior do Estado de São Paulo (CESESP), com a finalidade de gerir a administração daquelas escolas. Apesar da existência da CESESP, essa administração sofria muitas críticas, dado o volume de atribuições acumuladas naquela Secretaria, encarregada de toda matéria relativa ao ensino, desde a educação primária até o nível superior. Essas dificuldades eram registradas, principalmente, no interior do Conselho Estadual de Educação, que passou a estudar a busca de uma solução. Por outro lado, os Institutos Isolados sentiam a necessidade da adoção de uma política que os aproximasse e desse a eles uma identidade própria.

Desde o início de 1975, as discussões a respeito de uma nova forma de organização para os Institutos Isolados ocorreram na CESESP e contaram com a colaboração dos diretores daquelas faculdades. Foram apresentadas várias sugestões, visando o desligamento dos Institutos Isolados da esfera de ação da Secretaria da Educação e sua organização sob novas bases. As idéias giraram em torno da integração dos Institutos Isolados numa Federação ou numa Universidade, sendo que esta última proposta foi a que contou com a aprovação.

União dos Institutos Isolados - Em 1976, por determinação do então governador Paulo Egydio Martins, e de comum acordo com o Secretário da Educação, essas escolas deixaram o CESESP para assumir uma direção própria, na forma Universidade, uma autarquia submetida ao governo do Estado de São Paulo. De conformidade com a Lei 952 de 30 de janeiro de 1976, foi criada a Universidade Estadual Paulista que recebeu do governador o nome de "Júlio de Mesquita Filho", da qual passavam a fazer parte os Institutos Isolados.

A sede da Universidade estaria provisoriamente em Ilha Solteira, onde foi criada uma Faculdade de Engenharia, no local das antigas dependências da CESP. De conformidade com seu Estatuto, aprovado em 1977, a UNESP era constituída por 14 campi e sua sede ficaria em São Paulo, de acordo com as disposições transitórias, enquanto não houvesse em Ilha Solteira as condições necessárias para o funcionamento da Reitoria. À nova universidade deveria ser anexado, na forma de autarquia, o Centro de Educação Tecnológica "Paula Sousa". Da mesma forma, a Faculdade de Música Maestro Julião funcionaria como autarquia, agregada à UNESP, até seu pleno reconhecimento, quando então passaria a ser integrada à Universidade, funcionando em São Bernardo do Campo.

Assim criada, a UNESP teve como primeiro reitor o Professor Luiz Ferreira Martins, que havia sido coordenador da CESESP até esse momento. Em seus primeiros meses de funcionamento a UNESP se deparou com uma série de dificuldades resultantes dos ajustes propostos por uma estrutura excessivamente centralizadora e burocratizada. A nova forma de administração havia adotado uma postura inflexível e excludente da participação da comunidade universitária, o que não agradou a muitas unidades, havendo várias manifestações de descontentamento.

Durante os anos 80, a UNESP passou por algumas modificações que ficaram registradas em seu novo Estatuto, assinado em 1989. As expectativas da mudança consistiam na possibilidade de transformar a UNESP numa universidade essencialmente democrática na qual seus integrantes tivessem poder de decisão. No mesmo momento que no Brasil levantava-se a bandeira das diretas-já, a UNESP havia iniciado a campanha pela adoção de formas mais democráticas de gestão. Também abria-se a possibilidade da integração de um universo maior de interessados.

Expansão - Democratização e expansão foram as bandeiras defendidas pela universidade na passagem dos anos 80 para 90. Ainda durante esse período a Universidade esteve à procura da formação de uma identidade que pudesse superar sua marca de origem, a excessiva fragmentação. Esta procura significou uma aproximação cada vez maior da Universidade com o interior do Estado de São Paulo, ao atender aos insistentes apelos das comunidades do interior, quer pela incorporação de novos espaços, como no caso da Universidade de Bauru (1987), do IMESPP (1989), ou ainda, na busca de um aprimoramento da criação de novos cursos como no caso da incorporação do IFT (1987).

Visando uma dinamização da pesquisa e uma maior integração entre os vários núcleos de pesquisadores, a UNESP incentivou o desenvolvimento de um plano de criação de unidades auxiliares, unidades complementares e centro interunidades. Propunha, ainda, o desenvolvimento de museus com atividades coletivas e a criação de um projeto de integração e desenvolvimento das bibliotecas.

Com a finalidade de otimizar sua administração, o estatuto de 1989 criou as pró-reitorias, distribuindo, dessa forma, as várias atribuições de administração da Reitoria, bem como assessorias especiais para uma maior divulgação da universidade em vários setores. Outras inovações vieram contribuir para uma ação mais completa da Universidade, com a criação da FUNDUNESP (1987) e de uma Editora (1987), transformada posteriormente em Fundação. Também foi criado o Jornal da UNESP e houve o desenvolvimento de um plano de informatização.

Durante toda a década de 1990 a UNESP ampliou seu raio de atuação, sobretudo na forma de aumento da oferta de vagas. Mas em 2003, atendendo a numerosas solicitações e de acordo com a política do governo estadual de promover maior incremento do ensino superior público, a UNESP se expande em várias direções com a criação das então chamadas Unidades Diferenciadas, atualmente denominadas Campi Experimentais (2006).

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